IDEA Bio-Medical社 イメージ分析ソフトウェア – WiSoftⓇ ATHENA
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WiSoftⓇ ATHENA
イメージ分析ソフトウェア
AIによる各部位の自動認識および各部位ごとの
小胞子(Granule)の検出および自動カウント！
ゼブラフィッシュ顕微鏡画像の自動分析用の当社の新しい独自の専用分析ソフトウェアWiSoftⓇATHENAは、高スループット形式でゼブラフィッシュ幼生の蛍光の簡単かつ迅速な定量化、形態学的変化の測定、その他の表現型の特徴を提供します。
またWiSoftⓇATHENAは幅広い研究者に適しており、ほぼすべての顕微鏡メーカーからの複数の画像形式タイプの出力情報を解析可能です。
本ソフトウェアでは、シンプルな明視野画像を使用して、パラメータフリーのゼブラフィッシュ分析が可能です。最大 5 日齢 (dpf) のゼブラフィッシュの胚と幼生を自動的に検出し、魚の輪郭と内部構造の大部分 (卵黄嚢、目、脊索など)、および頭部、胴体、尾の体部を抽出します。
それぞれの部位ごとに形態 (面積、長さ、形状) を測定し、目的のカラーチャネルで蛍光タンパク質を検出できます。特定の解剖学的構造内の蛍光強度とスポット/構造の検出の両方がサポートされています。
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主な特長
ゼブラフィッシュの自動分析には、検出が必要な臓器や特徴の多様性により、独自の要件が課せられます。スループットと堅牢性を高め、ゼブラフィッシュの偏りのない画像分析を可能にするために、WiSoftⓇATHENAは、明視野画像で魚の輪郭と内部構造を自動的に検出する新しい AI ベースのソフトウェアが搭載されています。これらの検出が難しい構造を識別することで、WiSoftⓇATHENAは関連する蛍光信号の解剖学的コンテキストを維持し、ゼブラフィッシュの真のハイコンテントイメージングを可能にします。このように、ゼブラフィッシュの形態、領域固有のスポット/細胞カウント、蛍光強度測定を簡単に定量化できるのが大きな特長です。
・迅速でシンプルなユーザー インターフェイス
・画像分析の専門家ではない方向けに設計
・市販の顕微鏡の画像に対応
・現在入手可能な、最も高速で簡単なゼブラフィッシュ画像ベースのスクリーニングツール
・魚と臓器の識別のための新しい人工知能ベースのアルゴリズム
・明視野で魚と内臓を簡単に検出するために人間のマニュアル操作は不要
・構造の共分析のための蛍光標識との組み合わせ
・カスタマイズ可能なソフトウェアベースの選択により、データ取り込み後の分析で魚の向きが適切であることを確認。
・週に数匹の魚しか画像化しない研究者の方から、大規模なスクリーン用にマルチウェル プレートで数百から数千匹の魚を画像化する 研究者の方まで、使用しやすいソフトウェア。
・ソフトウェアにはあらゆる顕微鏡画像を入力可能で、手動顕微鏡または Leica、Zeiss、Nikon 社などのベンダーの自動画像化システムからの複数の画像形式もサポート。
・比類のないスループット: 数分以内に数百匹のゼブラフィッシュの幼生を分析
・ラベルフリーまたは蛍光タグ付きの魚と内部器官を分析
・単一平面、Z スタック、投影画像からの画像分析をサポートし、魚の幼生を頭から尾まで分析
互換性
コンピュータ要件
・使用可能なハードディスク容量: 最低 6 GB。
・最低 8 GB RAM、好ましくは16 GB
・コア数少なくとも 2 コア、好ましくは8コア
・モニター画面: ソフトウェアの適切な可視性を確保するには、画面解像度を少なくとも 1920×1080 に設定し、テキストのスケーリングを 100% に設定する必要があります。
画像形式
WiSoftⓇATHENAは、関連するメタデータの有無にかかわらず、幅広い画像形式の読み込みをサポートしています。画像は、RGB カラー画像はサポートされていないため、8 ビットまたは 16 ビットのグレースケール画像である必要があります。
メタデータがない場合、サポートされている画像形式は *.tif、*.tiff、*.png、*.bmp、*.jpg、*.jpeg です。これらの形式では、ユーザーはピクセル サイズを手動で定義でき、ソフトウェアは個別の画像ファイルに存在する関連するカラーチャネルを識別できます。カラーチャネルをグループ化するには、各画像のファイル名に識別テキストを含める必要があります (例: Brightfield_01.tif、Green_01.tif、Red_01.tif)。複数ページの *.tif 画像スタックは、各ページが Z スタックまたは T スタック (タイム ラプス) のいずれかに対応している場合に受け入れられます。各 Z スライスまたは T スライスは個別に分析され、3D レンダリングはサポートされていません。
OME-TIFF および独自の形式 (*.czi、*.nd2 など) を読み込む場合、Athena は次の関連メタデータを自動的に抽出できます:
１．各画像の寸法: ウェル、ウェル フィールド内、波長、時間インデックス、Z スタック インデックス。
２．ピクセル サイズ
３．プレート情報
４．目的
画像特性
Athena Zebrafish には、顕微鏡画像で可視化されたゼブラフィッシュの胚または幼生を可視化するための 4 つの要件があります:
- ゼブラフィッシュの幼生および胚の分析は、最大 5 DPF (受精後 5 日) までサポートされています。
- 輪郭と解剖学的構造を検出するために、ゼブラフィッシュ動物は透過光を使用して画像化する必要があります。全身の蛍光画像はサポートされていません。
- 透過光チャネルには明るい (白) 背景が必要です。コントラスト強化透過光法 (位相コントラスト、DIC など) ではなく、標準の明視野照明を使用してゼブラフィッシュを画像化すると、最良の結果が得られます。
- 頭から尾まで、動物全体が画像内に表示されている必要があります。心臓や尾びれなどの特定の領域のみを可視化する画像はまだサポートされていません。
分析の部位
| 魚の体全体 | 膀胱 | |
| 卵黄嚢 | 心臓 | |
| 目 | 頭部 | |
| 尾びれ | 胴部 | |
| 脊椎 | 尾部 | |
| 耳小胞 | 体内小胞 (Internal Granule) |
|
| ユーザー有効化部位 | ||
分析パラメータ
| 面積 | |
| 数 | |
| 蛍光強度 | |
| 形状パラメータ |
IDEA Bio-Medical社 イメージ分析ソフトウェア – WiSoftⓇ ATHENAのテクニカルノート
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