サイトメトリープロセスでは、蛍光色素で標識された細胞集団サンプルが液体中に懸濁され、細胞が 1 つずつ、異なる色の 1 つ以上のレーザービームを非常に高速で通過しまｓす。細胞の物理的および生物学的特性は、散乱効果および放出された蛍光シグナルを測定することによって特徴付けられます。細胞は、流体力学的に集束されたジェット流として、またはマイクロ流体デバイスを使用して、レーザービームを通して誘導されます。生成されたシグナルデータはコンピューター処理され、通常は 1 次元のヒストグラムまたは二変量ドットプロットで表示され、サンプル内の細胞のさまざまな部分集団を分離、検出、定量化します。より高度なサイトメトリーシステムでは、蛍光活性化細胞選別 (FACS) を使用して、光学的特性に基づいて目的の細胞集団を物理的に分離し、精製することもできます。